Studijas Pētniecības darbi
Studijas

Pētniecības darbi

BMC ir draudzīga vide dažādiem pētījumiem, kurus ar pasaules līmeņa aparatūras palīdzību veic augsti kvalificēti speciālisti dažādos pētījumu virzienos (skat. sadaļu Virzieni). Katru gadu aptuveni 50 studentu no Latvijas Universitātes Bioloģijas, un Medicīnas fakultātēm, Rīgas Stradiņa universitātes ārstniecības un farmācijas fakultātēm, kā arī dažādām RTU fakultātēm, pētījumu institūta speciālistu vadībā veic savu kursa, bakalaura un doktora darbu ietvaros nepieciešamos eksperimentus un novērojumus, un pēc tam ziņo par tiem laboratoriju un grupu semināros un kolokvijos. Katru gadu LBMC tiek aizstāvēti vidēji 10 kursa darbi, 9 bakalaura darbi, 8 maģistra darbi, kā arī 2 disertācijas. Arī skolēniem, kuri ir ieinteresēti biomedicīnā, ir iespējams izstrādāt savus zinātniski pētnieciskos darbus mūsu institūtā.

Kursa, bakalauru, maģistru un doktoru darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga un Vītolu fondu stipendijas, LZP (Latvijas Zinātnes Padome) finansiālu atbalstu, ESF (Eiropas Sociālais Fonds) stipendijas. 

BMC regulāri uzņem ārzemju docētājus un studentus t.sk. nodrošinot studentiem iespējas izstrādāt promocijas darbus.

KURSA, BAKALAURA UN MAĢISTRA DARBU IZSTRĀDES IESPĒJAS

LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRĀ

 

PIETEIKŠANĀS KĀRTĪBA

Lai pieteiktos uz kādas kursa, bakalaura vai maģistra darba tēmas izstrādi, pretendentam uz BMC Studiju direktora e-pastu (kaspars@biomed.lu.lv) jāatsūta CV un īsa motivācijas vēstule, kurā paskaidrots, kāpēc izvēlēta tieši šī tēma.  Pēc iepazīšanās ar pretendenta CV un motivācijas vēstuli, konkrētās tēmas vadītājs aicinās pretendentu uz individuālām pārrunām.

Pētījumu tēmas

Nr. p.k.

Tēmas nosaukums

Tēmas vadītājs

Pētījuma mērķis

Darba uzdevumi

Piezīmes

1.

Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.

Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.

Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.

2.

Ar miRNS saistīto resnās zarnas mikrobioma kompozīcijas izmaiņu novērtēšana 2. tipa cukura diabēta pacientos

Zinātniskā asistente Laila Silamiķele

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)

Noteikt miRNS profilus pacientu zarnu mikrobioma paraugos, pētīt to saistību ar mikrobioma kompozīciju un dažādiem metabolajiem fenotipiem.

MiRNS un mikrobiālās DNS izdalīšana, bibliotēku sagatavošana, miRNS profila noteikšana, izmantojot NGS, sekvenēšanas datu analīze.

Interese par saimniekorganisma un mikroorganismu mijiedarbību, labas prasmes darbā ar datoru, angļu valodas zināšanas, spēja saplānot savu laiku.

3.

RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem

Zinātniskais asistents Mihails Šišovs

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas.

Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju.

Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus.

4.

Genoma telpiska regulācija: heterohromatīns, kodoliņš un hromatīna tīkls

Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa

(Vēža šūnas bioloģijas grupa, vadītāja Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa)

Pārbaudīt darba hipotēzi, ka visparēja mRNS transcripcija tiek regulēta ar heterohromtīna 3D struktūru.

Eksperimenti šūnu kultūrā, ietekmējot mRNS sintēzi un izmantojot fluorescentas antivielu proves, 2D un 3D šūnu kodola mikroskopija un attēla analīze.

Interese strādāt ar mikroskopu, spēja pielietot PC progmmatūru, hromatīna organizācijas un minimālās fizikas zināšanas. Tēma paredzēta bakalaura un maģistra darba izstrādei.

5.

Ekstracelulāro vezikulu RNS satura izpēte

Dr.biol. Aija Linē

(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)


Cilvēka asinīs esošās ekstracelulārās vezikulas (EV) satur gan cilvēka, gan mikroorganismu RNS fragmentus. Šī pētījuma mērķis ir noskaidrot, vai šo RNS analīzi ir iespējams izmantot vēža diagnostikā un mikrobioma raksturošanā.

EV izolēšana no asins paraugiem; RNS sekvenēšanas bibliotēku būvēšana un datu analīze; atrasto RNS biomarķieru kvantificēšana ar ddPCR.

Darbs pietiks diviem studentiem. Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība.

6.

Expression of proteins of the anthocyanin synthesis pathway in yeasts

Paulius Lukas Tamosiunas (PhD)

To obtain sequences encoding plant enzymes participating in anthocyanin synthesis, to express these proteins in different yeasts. RNA extraction from plants, cDNA synthesis, cloning, gene expression in yeasts and analysis. Two students are welcome. The working language is English. The project is intended for Bachelor thesis. Basic laboratory skills, good English and motivation are required.

7.

Ar G-proteīnu saistīto receptoru ligandu skrīninga sistēmas izveide rauga S. cerevisiae šūnās

Zinātniskā asistente Ance Roga

(Ar G-proteīnu saistīto receptoru funkcionālās izpētes grupa, vadītājs Dr.biol. Dāvids Fridmanis)

Izveidot GPCRu ligandu identifikācijas sistēmu rauga S. cerevisiae šūnās  un noteikt Ascīdijas oreksīna receptoram līdzīgā receptora ligandu.


Randomizētu peptīdu ekspresijas plazmīdas izveide, GPCR un peptīdu ekspresija raugos pielietojot dažādas molekulārās bioloģijas metodes. Ekspresēto peptīdu novērtēšana izmantojot NGS, sekvenēšanas datu analīze. Vēlamas pamatzināšanas molekulārā bioloģijā, labas prasmes darbā ar datoru, angļu valodas zināšanas, spēja saplānot savu laiku.
8. Candidatus Neoehrlichia mikurensis detektēšana ērcēs no Latvijas migrējošajiem putniem.

Zinātniskā asistente Lauma Freimane

(Cilvēka ģenētikas un slimību patoģenēzes mehānismu grupa, vadītāja Dr. biol. Renāte Ranka)


Noskaidrot un raksturot patogēna C.N. mikurensis izplatību un celmu daudzveidību ērcēs, kas ir noņemtas no Latvijas migrējošajiem putniem. Raksturot putnu lomu C.N. mikurensis izplatībā Eiropā. Individuālais darbs ar zinātnisko literatūru, DNS izdalīšana no putnu ērcēm, reālā laika PCR sagatavošana, rezultātu analīze, ņemot vērā reģionālo kontekstu. Priekšzināšanas nav nepieciešamas. Tēma paredzēta kursa darba izstrādei ar iespēju to padziļināt un attīstīt par bakalaura darbu nākamajā gadā. Pretendentam jāprot darboties patstāvīgi, plānot laiku. Vēlamas labas angļu valodas zināšanas un interese par darbu laboratorijā.
9. Hipofīzes neiroendokrīno audzēju ar prolaktīna sekrēciju visa genoma analīze patoģenēzes mehānismu noskaidrošanai.

Dr. biol. Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)
Noteikt hipofīzes neiroendokrīno audzēju somatiskās mutācijas un genoma strukturālos variantus un veikt to anotāciju un interpretēšanu visa genoma sekvenēšanas datos Analizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiem Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, unix pamati, izpratne par statistikas metodēm, cilvēka genoma uzbūve
10. Hipofīzes neiroendokrīno audzēju transkriptoma analīze audzēja mikrovides parametru noskaidrošanai

Dr. biol. Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)
Identificēt hipofīzes neiroendokrīno audzēju mikrovides molekulu ekspresiju, šūnu sastāvu un RNS izoformas trankriptoma sekvencēšanas datos, izmantojot datošanas metodes. Analizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiem Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, unix pamati, izpratne par statistikas metodēm, cilvēka genoma uzbūve
11. SARS-CoV-2 vīrusa infekcijas ierosinātas izmaiņas asins seruma metabolītu un asins šūnu transkriptoma profilos. Pētniece Monta Ustinova (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš) Izmantojot nākamās paaudzes sekvenēšanas un augstas izšķirtspējas masas spektrometrijas metodes, identificēt izmaiņas gēnu ekspresijas profilos un metabolītu līmeņos Covid-19 pacientu asins paraugos infekcijas laikā. RNS izolēšana, kvalitatīva, kvantitatīva analīze; NGS bibliotēku sagatavošana; seruma paraugu metanola ekstraktu sagatavošana. Interese par iepriekšminēto tēmu, labas angļu valodas zināšanas, pamatzināšanas molekulārajā bioloģijā.

Ātrās saites



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".